1637年發生於現今長崎地區的島原之亂又稱為島原天草之亂或是島原天草一揆，是江戶時代規模最大也是最後的內戰，這場動亂其實是從戰國時代就開始積蓄已久的民怨大爆發，迫害天主教與鎖國政策都是造成這場戰爭的遠因，江戶初期的民怨是如何累積又如何大爆發的呢？
島原之亂的背景
宗教迫害的開始
天主教於1549年被耶穌會教士的方濟各·沙勿略傳到日本，當時日本的國際通商大港長崎加上天主教大名小西行長的影響，天主教在九州地區的傳教活動暢行無阻，很快的天主教的快速擴張引起了日本本土佛教及神道教的反彈，再加上1596年發生了「聖費利佩事件」，這個事件讓日本人認為傳教士是為了侵略才進入日本，所以豐臣秀吉立刻下令迫害天主教徒及傳教士，後來許多信仰天主教的大名也成為了被征討的對象，例如黒田孝高就迫於政治壓力而棄教，不過也有少數遠離政治中心可以不管禁教令的大名，例如前面提到的小西行長及島原藩藩主有馬晴信。
鎖國轉移的沉重賦稅
雖然一般都認為日本鎖國期間應該是1639～1854年，不過其實在這之前從1612年再次頒佈的禁教令開始，幕府的政策就已經逐步走向鎖國了，尤其是1616年開始限制明朝以外的船隻只能在長崎與平戶港停泊，這項政策導致許多大名都因為無法與外國通商而收入大減，為了維持支出很多大名只好轉而向平民加重稅收，沉重的賦稅與粗暴的徵稅方式使得日本各地的民怨越來越深。
島原與天草的民怨累積
轉捩點
慶長19年(1614年)島原藩主天主教大名有馬晴信被轉封取而代之的是松倉重政，入封島原藩的松倉重政先後執行了幕府改建江戶城命令、以一己之力派遣先鋒隊遠征呂宋島、興建島原城等政策，原本無法與外國通商的島原藩已經失去很大的收入來源了，再加上這一連串燒錢的大動作松倉重政只好繼續加重領地的稅收。不同於原本的天主教大名有馬晴信，松倉重政對天主教徒實施強硬的手段打壓，荷蘭商館負責人及葡萄牙船長都有文件記載松倉重政對繳不出稅或是不願意棄教的天主教徒進行拷問或處刑等激烈手段，他的兒子松倉勝家不止延續了父親的政策，甚至還有更加殘暴的傾向。島原隔壁的天草諸島原本是天主教大名小西行長的領地，不過在關原之戰(1600年)後改由寺沢広高入封，一直到下一代的堅高對於領地內的天主教徒也都是採取強硬的鎮壓政策。
引爆點
島原藩及天草諸島許多武士都受不了暴政轉為平民，以平民的身份作掩護由有馬家的舊部下組織起來打算叛亂，島原天草一揆的首領們在天草諸島的湯島一起推舉了當年才16歲的天主教徒益田四郎時貞為首領，大家都叫他天草四郎，1637年12月11日反抗軍殺害了前往有馬村代官所準備迫害天主教徒的代官林兵左衛門，島原之亂正式爆發。
